1900-1945 (A kezdetek)

A csapat alapítását 1900 februárjában a berlini Franz John kezdeményezte. Az alapító okiraton 18 név szerepelt. A piros színű mezt viselő csapat 1907-ben költözött a Leopold utcába. A pályaavatón 8:1 arányban győztek a korabeli vetélytárs Wacker ellen. Hamarosan a müncheni labdarúgás élére kerültek. A nézők már egy kényelmes lelátóról csodálhatták a játékot, amikor a csapat 1910-en elnyerte az úgynevezett keleti-kerület-bajnokságát.
Ezt a címet veretlenül, megvédte a rákövetkező évben, bár kinevették a csapat játékosait, mivel rövidnadrágban játszottak. A csapatnak ekkor már volt egy válogatott játékosa, Max "Gaberl" Gablonsky személyében (Ő 1910. május 16-án, a belgák elleni 0:3-as meccsen játszott először a válogatottban.)
1920–ban már 700 tagot számlál a klub, és ettől kezdve a város legnagyobb csapata. 1926-ban elnyerik a dél-Németország bajnokságát, 1932–ben aztán az első bajnokságot az Eintracht Frankfurt ellen (2:0). A gólokat Rohr és Krumm rúgták; a csillagok Heidkamp és Breindl; edző, masszőr és ügyvezető egy személyben Richard "Little" Dombi volt.
A „Bayern“ a német labdarúgás egyik legerősebb csapatává nőtte ki magát, 1936-ban az olimpián Simetsreiter, Goldbrunner és Moll erősítették a válogatottat a Bayern-ből.

1946-1967 (Újrakezdés időszaka)

A sok gyötrelem után a német labdarúgásnak is kellett bizonyos idő az újjáépüléshez. Kilenc év kellett ahhoz, hogy a megszállottság megint feltámadjon az emberekben. A hiányzó szikrát a világbajnokság megnyerése hozta Svájcban, ahol a döntőben a németek 3:2 arányban legyőzték a magyar válogatottat.
Jakob Streitle a „Bayern” irányítója csak mint pótjátékos, volt jelen ezen a meccsen. Ez időszakban még nem számított csodának, ha a válogatott „Bayern” játékos nélkül szerepelt. 1957-ben elnyerte a csapat a Német Kupát, a Fortuna Düsseldorf ellen(először). A következő időszakban viszont gyenge szereplések következnek. Az 1962-től Wilhelm Neudecker, építkezési vállalkozó a csapat elnöke. Az 1963-ban induló „Bundesliga”-ban nem szerepelhet a csapat.
Ez az időszak két évig tart, mikor is a csapat edzője (az 1998-ban elhunyt) Tschik Caikovski lesz. Ettől kezdve indul a Bayern élre törése. Franz Beckenbauer kerül a csapathoz (aki nagy megdöbbenésre nem a kékekhez szerződött le), az ő háta mögött Sepp Maier áll a kapuban, elől pedig Gerd Müller támad (Ciakovskit idézve „a kis kövér Müller”).
1965/66-os bajnokságban már a harmadik helyezést érik el. Beckenbauer és Maier a válogatott játékosa lesz és megszerzik a világbajnoki ezüstérmet Angliában, mikor is a döntőben a házigazdáktól vereséget szenvednek.
A Bayern viszont ebben az évben elnyeri második alkalommal a Német kupát. A Meidericher SV csapatát 4:2 aranyban verik meg Frankfurtban 60 000 néző előtt. Kétszer Brenninger, Ohlhausen és Beckenbauer góljával.
1967-ben elnyerik harmadik alkalommal a Német kupát a Hamburger SV ellen 4:0. Ezt követően pedig az első nemzetközi trófeát, a KEK-et is sikerül megnyerni a Glasgow Rangers ellen. Franz „Bulle“Roth (Mister Europacup) a 109. percben lőtt góljával 1:0 arányban nyernek

1968-1976 (Az arany korszak)

1968-ban Branko Zebec lesz az edző, aki a bajorok nagy megrökönyödésére betiltja a sör fogyasztását. Szerencséjére a sikerek nem váratnak magukra, ugyanis a csapatnak sikerül a „duplázás“(a Német bajnokság elnyerése 8 ponttal az Alemania-Aachen előtt és a kupa elnyerése a Schalke ellen).

Ez időben megjelenik egy csapat, amely a Bayernt még hosszú ideig, mérgesíteni fogja, Borrussia Mönchengladbach. A "csikók" nyerik 1970-ben és 1971-ben a bajnokságot, mindkétszer a Bayern előtt. Az 1968/69 Bundesliga szezon a Bayern győzelmével zárul. A csapat első alkalommal lett a Bundesliga bajnoka.
1972-ben a csapat beköltözik az Olimpia stadionba és Udo Lattek lesz az edző. Ebben az évben a Bayern lesz a bajnok, Gerd Müller vezeti a góllövő listát 40 góllal (azóta is a rekord). A pontok állása a bajnokság végén 55:13(a győzelem csak két pontot ér),ez is azóta Bundesliga rekord. Valamint elnyerik a kupát is a Kölnt megverve a döntőben 2:1-re.
Lattekkal még kétszer egymás után elnyerik a bajnokságot, valamint először 1974-ben a BEK-et. „Katsche” Schwarzenbeck egy perccel a hosszabítás vége előtt kiegyenlített az Atletico Madrid ellen(1:1),így egy újabb mérkőzésre került sor Brüsszelben, ahol a Bayern 4:0 arányban nyert (gólok: 2 Uli Hoeneß, 2 Gerd Müller)

Ebben az évben megnyeri a német válogatott a világbajnokságot, mégpedig Münchenben 2:1 a döntőben a Hollandok ellen. A válogatottban hat Bayern játékos rúgja a bőrt: Maier, Beckenbauer, Schwarzenbeck, Breitner, Hoeneß, és Müller.
Nos a következő években a nemzeti szinten egész 1980-ig nagy eredményt nem érnek el, nemzetközi szinten viszont sikerül még kétszer egymás után a BEK-et 1975 és 1976 elnyerni.

1975-ben a Leeds ellen Párizsban 2:0. góllövők: Roth és Müller
1976-ban St. Etienne ellen Glasgowban 1:0. góllövő: Roth.
Az edző mindkét alkalommal Dettmar Cramer.
1976-ban megnyerik még a világkupát is a Belo Horizonte ellen 2:0.

 

1977-1990 (Változások időszaka)

Következnek a változások évei, trófeák nélkül. Franz Beckenbauer elmegy 1977-ben az USA-ba, a New York-i Cosmos csapatába. Egy év múlva Gerd Müller is elhagyja a csapatot, mégpedig a Fort Lauderdale Strikers-be.
1979-ben Uli Hoeneß, 27 évesen átveszi Beckenbauer tanácsadójától Robert Schwantól a menedzseri tisztséget. Lóránt Gyula edzőt Csernai Pál váltja le. Az elnök Neudecker megy, helyette Willi O. Hoffmann jön.

Jönnek jobb évek is Paul Breitner és a fiatal Rummenigge (közösen Breitniggel) irányításával, 1980 megnyeri a csapat, hat hosszú év után a bajnokságot. A szurkolók örömére, még a következő évben is.

1982-ben elnyerik megint a nemzeti kupát, azon a legendás mérkőzésen hol a Nürnberg már 2:0 arányban vezetett és a Bayern a végén 4:2 győzedelmeskedett. Dieter Hoeneß vérző fejjel, turbánnal játszott és még gólpaszt is adott.
A BEK döntőt az Aston Villa ellen elvesztették 0:1.Úgyszintén a Német válogatott a világbajnoki döntőt is elvesztette az olaszok ellen. Megemlítésre méltó, hogy Breitner két világbajnoki döntőben is szerepelt és mindkettőben gólt is lőtt.
Valamint említésre szorul, hogy a Bayern soraiból 1965-1981 között 11 szer lett az év játékosa megválasztva Németországban: Beckenbauer (4),  Maier(3),  Müller(2), Rummenigge(1), Breitner(1)

1983-ban visszajött Lattek, a Bayern megint megnyerte a nemzeti kupát a Mönchengladbach elleni döntőben.
Rummenigge olyan hírnévre tesz szert, hogy még egy angol együttes is az ő szexi térdéről énekel. Nem csoda, ha 11 millió márkáért a milánói Inter csapatához szerződik.
Egy év múlva Sören Lerbyvel és a fiatal Wiggerl Köglel megint bajnokok lesznek, mi több a következő évben megduplázzák és 1987-ben még egyszer elnyerik a bajnokságot. A szurkolók nagy szomorúságára Bécsben elvesztik a BEK döntőt az FC Portó ellen.
1988-ban Jupp Heynckes lesz az edző azzal a feladattal, hogy Matthäus, Brehme, Eder, Hughes, Michael Rummenigge és Pfaff nélkül, egy új erős csapatot képezzen. Habár 1989 és 1990-ben megnyerik a bajnokságot, de a nagy célt, egy nemzetközi kupát nyerni, nem tudják teljesíteni.
Megemlítendő viszont, hogy Németország 1990-ben megnyeri a világbajnokságot! Soraiban a Bayern játékosokkal: Augenthaler, Reuter, Thon, Kohler, Pflügler, Aumann.

1991-1999 (Az új évszázad küszöbén)

A 91/92-évi bajnokság után Heynckes-nek menni kellett, helyére Sören Lerby került, nem nagy sikerrel. Mikor már a kiesés fenyegette a csapatot jött Erich Ribbeck. Franz Beckenbauer és Karl-Heinz Rummenigge is felajánlotta segítségét, ők az elnökhelyettesi posztra kerültek. A 93/94-es bajnokságban a „császár” vette át a csapat vezetését Ribbeck-től és mindjárt bajnokságot is nyertek!
Jött Giovanni Trapattoni, a játékosok és az újságírók kedvence, sajnos nem sok sikerrel. A 94/95-ös bajnokságban a hatodik helyen végeztek, a Bajnokok Ligájában pedig az elődöntőig jutottak el.
Jött Otto Rehhagel és vele a csillagok mint Klinsmann, Herzog és Sforza. Habár a csapatot az UEFA kupa döntőjébe vezette, egy nagy meccsel az elődöntőben a Barcelona ellen mikor otthon 2:2 játszottak majd Spanyolországban 2:1-re nyertek.
Franz Beckenbauer, aki már 1994 óta az elnöki posztot látta el, lett megint az átmeneti edző. Az UEFA Kupa döntőjét meg is nyerték a Girondins Bordeaux ellen 2:0 és 3:1. A bajnok megint csak a Borussia Dortmund lett.
Jött megint Trapattoni. Ő 1997-ben megnyerte a bajnokságot, 1998-ban pedig a nemzeti kupát.
Őt Ottmar Hitzfeld váltotta fel. Már az első évben megnyerték a bajnokságot, a nemzeti kupa döntőjében és a Bajnokok Ligája döntőjében szerepeltek irányítása alatt. Sajnos a két utóbbit nem sikerült megnyerni.

2000-2003 (Nagy eredmények, nagy meccsek)

Fergetegesen kezdte a csapat az új évszázadot. Egy drámai vereség után a Manchester United ellen 1999-ben nagy terveket szőtt a csapat Kahn, Effe és Elberrel az élen.
A terveket tettek követték, ezt érzékelhette a Real Madrid mikor is nyolc nap leforgása alatt nyolc gólt kaptak a Bayerntől.(CL-4:2 a Bernabeu-stadionban, 4:1az Olimpia-stadionban). A középdöntőben megint találkoztak, itt a Real bosszút állt, a 2:0-s otthoni győzelem elegendő volt a Reálnak, mivel a visszavágón 2:1-re tudott csak győzni a Bayern.
A szezon mégis eredményes volt, hiszen a bajnokságban az utolsó fordulóban sikerült a Leverkulsent megelőzni, akik az Unterhaching(ők is Müncheniek) ellen veszítettek. Így a bajnokság elnyerése sikerült. Majd a nemzeti kupa döntőjében sikerült a Werder-Brement 3:0 arányban legyőzniük. Tehát a 1999-2000-es szezonban sikerült a duplázás.
A 2000-2001-es szezont nem fogják olyan könnyen elfelejteni sem a szurkolók sem a játékosok, akkor sem ha a nemzeti kupában már a második fordulóban kiestek a Magdeburg elleni mérkőzésen. A bajnokságban 34. forduló után megint az első helyen álltak és az utolsó fordulóban Patrik Andersson a HSV elleni mérkőzés hosszabbításában szerzett szabadrúgás góljával megnyerték a bajnokságot. Kuriózum: A második helyen álló Schalke 04 ez időben már befejezte mérkőzését(amit megnyert) és nagyban ünnepelte a biztosnak hitt bajnokság elnyerését. Természetesen nagy volt a szomorúság mikor megtudták, hogy a Bayernnek sikerült a hosszabbításban kiegyenlíteni.
Természetesen egy ilyen siker után nagy önbizalommal utazott a csapat Milánóba a BL döntőjére, amit a Valencia csapata ellen kellett játszani. A negyeddöntőben a Manchester Unitedet verték ki, majd a középdöntőben megint a Real ellen játszottak. Mind a két mérkőzést (Madridban 1:0-ra ,Münchenben 2:1-re) megnyerték. A Valencia ellen Oliver Kahn volt a hős, hiszen három büntetőt is kivédett. A döntőt így Milánóban 5:4 arányban megnyerték.

 

 

2001/2002-es szezonban nem sikerült sem bajnokságot, sem a nemzeti kupát megnyerni. A bajnokságban csak harmadikak lettek, a Dortmund és a Leverkusen után, a nemzeti kupában a középdöntőben estek ki a 2:0-s vereség után, amit a Schalketől szenvedtek el. A BL-ben is csak a középdöntőig sikerült jutni, ahol a Real kiütötte őket.
Viszont egy trófeát mégis csak sikerült nyerni, mégpedig nem is akármelyiket. A Boca Juniors Buenos Aires elleni mérkőzésen 1976 után megint elnyerték a világkupát.
A 2002-2003-as szezonban megint sikerült a bajnokságot és a nemzeti kupát is megnyerni. A bajnokságot 16 pont különbséggel a második helyezett Stuttgart előtt biztosan hozták. A nemzeti kupa döntőjében az FC Kaiserslauternt 3:1 re verték meg. Michael Ballack két gólt is lőtt. Az év játékosa is ő lett. Egyetlen negatívum az a korai búcsú a BL-től. Az első csoportkörben búcsúzni kényszerűltek. A La Coruna elleni mérkőzésen az a Makaay rúgta nekik a gólokat, aki egy év múlva már a Bayernben rúgta a bőrt.

2004- (Jelen)

2007-2008-es szezon újabb mérföldkő a csapat életében, az előző évi gyengébb szereplés után Uli Hoeness úgy döntött, hogy eljött a bevásrlás ideje. A Bayern kerete számos új játékossal bővült. Rossz hír viszont hogy sok régi játékossal már nem találkozhattunk többet a Bayern színeiben.
2007 nyarán a bajorokhoz szerződött többek között az olasz Luca Toni, a brazil Zé Roberto, a francia Ribéry és a német gólzsák Miroslav Klose is. A bombaerős Bayern pedig fantasztikusan kezdte a szezont, elsősorban az új szerzeményeknek köszönhetően.