A következő idényben már nem Magath ült a stuttgarti kispadon, hiszen a szakvezetőt elcsábította a Bayern München, de Lahm az új mesternél, Matthias Sammernél is alapember volt a csapatban. Mindezt Újpesten is bizonyította, hiszen a stuttgartiak az UEFA-kupa selejtezőjében a lila-fehérekkel játszottak; a svábok meglehetősen simán, kettős győzelemmel, 7-1-es összesítéssel jutottak tovább, és Lahm a Gottlieb Daimler stadionban gólpasszt is adott Cacaunak. A folytatásban, a belga SK Beveren elleni csoportmeccsen maga is betalált, és a válogatottban is alapembernek számított.

A téli felkészülési időszakban azonban olyan dolog történt vele, amire korábban nem volt példa: Lahm megsérült. Más kérdés, hogy nem egy edzésen, hanem egy jótékonysági kispályás tornán kapott rúgást, aminek végeredménye lábközépcsont-törés lett. Emiatt három hónapot ki kellett hagynia, és legközelebb csak áprilisban léphetett pályára. Akkor már azt is tudni lehetett, hogy az idény végeztével visszatér a Bayern Münchenhez, elvégre kölcsönszerződése lejár, a bajoroknál pedig éppen egyik mentora, Magath ült a kispadon. A Stuttgart az utolsó fordulóban éppen a müncheniek ellen lépett pályára, és úgy tűnt, hogy Lahm éppen leendő egyesülete ellen búcsúzhat a sváboktól, de egy újabb sérülés közbeszólt: pár nappal a találkozó előtt az egyik edzésen a balhátvéd térdszalag-szakadást szenvedett.

Ez a lehető legrosszabbkor jött a számára, hiszen a féléves kihagyás azt jelentette, hogy nem játszhatott a nyári Konföderációs Kupán, amely pedig a 2006-os világbajnokság főpróbájának számított a Nationalelf számára, és a teljes felkészülési időszakot is ki kellett hagynia a Bayernben.

Következő tétmeccsét 2005 novemberében vívta, ekkor az Arminia Bielefeld elleni bajnokin cserélték be, de csak 2006 tavaszára szerezte vissza helyét a kezdő tizenegyben a münchenieknél. Bixente Lizarazut kiszorítva lett a bajorok első számú balhátvédje, és szerencséjére Jürgen Klinsmann sem feledkezett meg róla: 2006 márciusában több mint egy év után ismét meghívót kapott a válogatottba. Korántsem volt azonban biztos, hogy a vébén is ő lehet a német nemzeti tizenegy balhátvédje, elvégre a még nála is fiatalabb Marcel Jansen hétről hétre kiválóan játszott a Bundesligában, de a 23-as keretben azért jutott hely Lahmnak.